2014年起，阿里巴巴公益基金会资助大自然保护协会在杭州市余杭区开展龙坞小水源地保护项目，探索流域的源头治理模式。龙坞项目通过水基金信托，集中管理汇水区关键土地，减少污染源，截止2017年3月，成功将主要考核的水质指标从Ⅲ/Ⅳ类提升到Ⅰ类，并给林户带来收益，运作的生态农产品、生态旅游等项目均已实现赢利。

为将龙坞经验进一步推广和提升，2018年2月6日，阿里巴巴公益基金会、民生人寿保险公益基金会共同发起，万向信托作为受托人，大自然保护协会（TNC）作为科学顾问的中国水源地保护慈善信托项目正式启动，首期以长三角重要大型水源地---千岛湖为全国示范，发起千岛湖水基金项目，探索中国城市水源地治水PPP模式（即政府与社会资源合作开展水源地保护的模式）。

项目通过一期三年的流域农业面源污染治理实践和总结，摸索出“三好农业”模式---好种、好品、好卖，支持农户更好参与可持续的生态护水实践，并通过跨界合作、品牌赋能，打造“好玩”流域共治平台，让河长、企业、公众均可参与水源保护。

二期项目计划基于自然的解决方案（Nature-based Solutions, NbS），针对流域面临的农业面源污染问题，通过对流域内关键农作物和入湖口湿地研究探索，制订“源头削减+过程拦截”的保护策略来进行农业污染和水土流失防治。同时，项目依托“水基金”平台，与地方政府、合作伙伴共同探索市场化、多元化的生态补偿实践，并进行生态产品价值实现和生态补偿机制政策研究，以期为水源地的可持续保护提供有参考价值的落地模式。