2016年国家《“十三五”生态环境保护规划》提出要精准发力提升水环境质量，针对流域综合治理、良好水体治理、地下水污染综合治理、城市臭水体治理、河口和近岸海域水体治理等采取科学措施。阿里巴巴公益基金会自成立之初就把目光聚焦在中国环境保护领域，展开了以水环境保护为主题的清源行动，并资助环保项目，旨在资助水环境治理领域具有创新性、示范性、发展性，能够实质借鉴水体污染问题，具有重大行业意义和社会影响的公益项目，陪伴环保类公益组织健康成长，形成针对不同流域和水体的治理方案，在全国范围内共同推进水环境持续改善。

2019年，阿里巴巴公益基金会“清源行动”与23家环保机构合作，累计资助金额1215万元，伙伴和项目覆盖14个省市自治区。“清源行动”的资助对象分为三大类别：“XIN伙伴”侧重在法律和政策倡导、环境大数据运用、志愿者网络建设、社会组织培育等领域的水环境治理项目；“清源伙伴”侧重于重点环保项目的开展与落实，监督企业环境行为，开发环保标准，提升公众环保行动能力；“水滴伙伴”侧重于环保监管和宣传，提升企业和公众的环保意识。

截至2022年底，清源行动支持的项目共计25个，涵盖局部基础性、重点突破类、行业基础类、行业领域开拓类、综合类、公众环境参与、流域环境治理、企业排污监督、社区环境治理、数据库建设及维护、赋能志愿者参与、环保公诉及政策倡导等项目类型，累积上万人次参与河流守护，上千条巡河记录，若干行业调研及研究成果，并在水环境治理领域形成了共建共治共享的格局，搭建行业基础设施，提升了公众水环境保护意识，增强在地环保社团服务能力，监督引导企业行为，树立行业规范，倡导环保政策，持续推动水环境保护建设。